趣味のゲノム解析【実践編１】

前回の続きです。

Genome1000プロジェクトのサイトにアクセスして、日本人だけのサンプルを作ってみました。

【参考】
bcftoolsを使用して指定したサンプルのvcfファイルを抽出する(extract specified samples in vcf format)

【実際のLinuxのコマンド】
bcftools view -S JPTList.txt --force-samples ALL.chr9.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5b.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > JPT.vcf
※出力はテキストファイル(vcf)になるようです。

サンプルファイル
NA18939
NA18940
NA18941
NA18942
NA18943
NA18944
NA18945
NA18946
NA18947
...

↑は、前回ダウンロードした integrated_call_samples_v3.20200731.ALL.ped がタブ区切りテキストファイルなので、Excelに読み込んで適宜加工したものです。