趣味のゲノム解析に成功！【追記あり】

前回の続きです。

試行錯誤の末、意外にあっさりと成功しました！

大変お世話になったのは↓のサイトです。

バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析（GWAS)



ありがとうございま～す。
本当に素晴らしいです

plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート1
plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート2

試しに14番染色体をプロットしてみましたが、結果はこのサイトの1番染色体とほとんど同じでした。



なお、私は慣れたところでRを遣い、これに関連して3箇所ほど修正しました。

①4を、data <- read.delim('integrated_call_samples_v3.20200731.ALL.ped', header=TRUE) に変更
②パッケージ ggplot2 をインストール
③5の1行目を、columnList <- c("Individual.ID","Population") に変更 【追記1 Population表示が正しくなるよう修正】

どうやら、パソコンのメモリは8GBだと足りないようです。
このサイトのように、主成分を10個指定すると、私のパソコンではメモリ不足になってしまいました…

CPUは、それほどは高性能でなくともいいらしく、私はi5-7500なのですが…計算自体は数分で終わりました。
ただ、ゲノムデータは1染色体ほぼ1GBあるので、高速回線が必須となります。

それにしても、個人レベルで気軽にゲノム解析ができるようになったのだから、世の中も随分と変わったものです。

参考までに、ソフトとデータの入手はすべて無料です。
ただし、プライバシーの関係で、センシティブなデータには厳重な手続きが必要となります。

【追記2】

これで、血液型別にゲノム解析をして、もしも差が出たら万々歳です