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NatureのABO型血液型と腸内細菌叢に関する論文 [論文]


【参考文献 1/3】
H, Yang, et al. "ABO genotype alters the gut microbiota by regulating GalNAc levels in pigs" Nature pub 27 Apr 2022

【参考文献 2/3】
Y. Qin, et al. "Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and incident disease in a single population cohort" Nature Genetics volume 54, pages134–142 (2022) Published: 03 February 2022

【参考文献 3/3】
EA. Lopera-Maya, et al. "Effect of host genetics on the gut microbiome in 7,738 participants of the Dutch Microbiome Project" Nature Genetics volume 54, pages143–151 (2022) Published: 03 February 2022
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蚊に刺されやすい血液型 [サイト紹介]

夏になると、よく出てくる話題ですね…。

【解説】「扇風機」で蚊の対策 血液型でも違いが…刺されやすい人の特徴とは?

ntv.png

■蚊に刺されやすい血液型とは?
日テレNEWS

蚊に刺されやすいのは、どの血液型でしょうか。

白井所長も実際に血液型別に調べてみたところ、刺されやすい順位があったということです。1位はO型です。2位はB型、3位はAB型です。一番刺されにくい4位はA型です。

ただ、どうして蚊に刺されにくいのか、理由は解明できておらず、実験データでは以上の結果が出たということです。

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5/11 第1回「新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議」 [新型コロナ]

昨日11日に、第1回「新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議」がありました。
どんな結論になるのかは、メンツと資料を見ればほぼ予想できます。

次が名簿です。

新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議 構成員
(五十音順、敬称略)
秋池 玲子 ボストン・コンサルティング
草場 鉄周 日本プライマリ・ケア連合学会理事長
宍戸 常寿 東京大学教授
菅原 晶子 経済同友会常務理事
田中 雄二郎 東京医科歯科大学学長
永井 良三(座長)自治医科大学学長
古市 憲寿 社会学者
若林 辰雄 三菱UFJ信託銀行特別顧問

グラフはもっと笑えます。
見事に人出と新規感染者が反比例しているのです。

スクリーンショット 2022-05-12 204602.png

当然ながらのマスコミはほとんど無視ですね。
昨日も今日も、NHKの夜7時のニュースでは取り上げられませんでした。

岸田首相は、意外と「寝技」が得意なのかもしれませんね[わーい(嬉しい顔)]
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日本人と中国人の違いを「マンハッタンプロット」で調べる [ゲノム解析で古代日本史]

古代人や縄文人のゲノム解析ですが、なぜか「マンハッタンプロット」を使った分析は見たことがありません。

スクリーンショット 2022-05-05 101534.png

上の図にある説明では、「疾患との関連が高い」とありますが、要するに「異なるグループの遺伝子(SNP)の違い」が偶然かどうかの確率を示しているわけです。

誰でもすぐに思いつきそうなことですが、本当に誰もやってないのかな?

ここでは、テストケースとして、前回調べた1000 Genome Projectのデータを使った日本人と中国人の違いをマンハッタンプロットを使って見てみることにします。
第9染色体.png
前回の分析結果

下の図は、ABO血液型がある第9染色体後半部分のマンハッタンプロットを描いてみたものです。
赤い↓がABO血液型の場所なのですが、残念なことに意外と差が出てないですね。

manhattanplot3.png

点が上に行くほど差があることを示しているのですが、あまりパッとしません。

なお、水平の赤い線以上が統計的に有意なことを示しています。

もう一つ残念なのは、ノイズが多いのため、このままでは使いものにならないことです。

どうしようかな…。

--☆----☆----☆--

なお、具体的なやり方は次のとおりです。

★PLINKについて★

【1】PEDファイルにPhenotypeを追加する

前回までにできた、マンハッタンプロットをしたいPEDファイル(テキストファイルです)にPhenotypeを追加します。

PLINKの使い方 1 〜フォーマット整形〜
http://bio-and-info.blogspot.com/2013/05/plink1.html

2. デフォルトのフォーマット
(1) PED FORMAT:サンプルとジェノタイプ情報
ここの、列#6 Phenotypeを、EmEditorで追加(変更)します。
(デフォルトは「-9」のようです…)
・例 日本人=1、外国人=2

【2】関連分析

plink --file inputfile --assoc --allow-no-sex --out outputfile
→outputfile.assocに結果が出力されます。
(--allow-no-sexは性別を無視するオプションで、元データに性別が入ってないため、指定しないとエラーになります)

《参考》
・PLINKでGWAS(basicなcase/control study)をするコマンド
 https://jojoshin.hatenablog.com/entry/2016/09/22/094319
 plink --bfile データ名 --assoc --out アウトプットするデータ名
 →上のファイルはバイナリではないので、「--bfile」を「--file」に変更する

★Rについて★

カラフルなマンハッタンプロットを描く
https://staffblog.amelieff.jp/entry/2018/05/15/173432

《Rのスクリプトの例》

rm(list=ls())
setwd("C:\\データがあるフォルダ名")
#必要なパッケージをロードする。
library("qqman") #ライブラリ読み込み
library("data.table")
dat.raw <- fread("データファイル名.assoc", stringsAsFactors=F,header=T)
dat.ylim <- c(0, max(10, max(-log10(dat.raw$P) * 1.04, na.rm=TRUE)))
manhattan(dat.raw, ylim=dat.ylim, genomewideline = -log10(1e-07))

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Windows 11 に WSL2:Ubuntu20.04をインストールする [ゲノム解析で古代日本史]

私の備忘録です。

基本的に、次のサイトのとおりで大丈夫です。

[iモード]WSL2:Ubuntu20.04のインストール

なお、このサイトの環境はWindows 10ですが、WIndows 11でもほとんど同じでした。
変更が必要なのは2点です。

[1] Windows 11は、Windowsファイアウォールの設定がWindows 10と違うため、次のようにして設定を変更します。

[設定]→[プライバシーとセキュリティ]→[Windows セキュリティ]→[ファイアウォールとネットワーク保護]→[ファイアウォールによるアプリケーションの許可]

[2] Ubuntuの設定のパラメーターにミスがあるため、少し訂正が必要です。

・Ubuntuの設定
 ・$ sudo apt install -y git gedit emacs vim subuild-essential pkg-config firefox dbus
  subuild-essential→build-essential [最初のsuは不要]

このサイトの作者に感謝です。[るんるん]

しかし、なぜかfirefoxの動作が不安定でした…[あせあせ(飛び散る汗)]

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Ubuntuのツールのインストール方法 [ゲノム解析で古代日本史]

私の備忘録です[たらーっ(汗)]

◎samtoolsをインストールするには…

sudo apt update 
sudo apt install -y wget
sudo apt install -y libncurses5-dev
sudo apt install -y zlib1g-dev
sudo apt install -y libbz2-dev
sudo apt install -y liblzma-dev
sudo apt install -y gcc 
sudo apt install -y make 
sudo apt install libcurl4-openssl-dev

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.15.1.tar.bz2
cd samtools-1.15.1/
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

参考 https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/01/04/220013

◎bcftools-1.15.1をインストールするには…

wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf bcftools-1.15.1.tar.bz2
cd bcftools-1.15.1.tar.bz2
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

◎htslib-1.15.1をインストールするには…

↑と同じ方法でbcftools→htslibに変更

◎bgzipを使うには…

htslibをインストールする。

※ 元ファイルを保存する「-c 」オプションを付けると、出力ファイルが標準出力(スクリーン)にリダイレクトされるので注意!
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インドネシアでは相当血液型が流行しているようです [論文]

定期的に英語論文をチェックしているのですが、インドネシアでは相当血液型が流行しているようです。
今年発表されたこんな論文を見つけました。

THE RELATIONSHIP BETWEEN PRIMARY AND SECONDARY DIMENSIONS OF DIVERSITY WITH HUMAN BEHAVIOR AND BELIEFS: A STUDY ON BLOOD TYPES AND RELIGION IN INDONESIA
(多様性の1次および2次的側面と人間の行動・信条との関係:インドネシアにおける血液型と宗教に関する研究)

スクリーンショット 2022-04-29 122818.png

正直、内容は大したことはないのですが、大学の論文のタイトルに「血液型」が入っているのはすごいです。
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ABO型血液型と腸内細菌叢に関する論文 [論文]

今年になってから3報ほど出ているそうです。
スクリーンショット 2022-04-29 094537.png
【参考文献 1/3】
H, Yang, et al. "ABO genotype alters the gut microbiota by regulating GalNAc levels in pigs" Nature pub 27 Apr 2022
【参考文献 2/3】
Y. Qin, et al. "Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and incident disease in a single population cohort" Nature Genetics volume 54, pages134–142 (2022) Published: 03 February 2022
【参考文献 3/3】
EA. Lopera-Maya, et al. "Effect of host genetics on the gut microbiome in 7,738 participants of the Dutch Microbiome Project" Nature Genetics volume 54, pages143–151 (2022) Published: 03 February 2022

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日本の伝統は夫婦同姓 [サイト紹介]

今回は、血液型と関係ない日本史の話題です。

日本の伝統は「夫婦同姓」という動画を見つけました。

fufudosei.PNG
苗字から分かる、あなたの昔の身分!!!

これは非常に納得できます。だだし、貴族や武士は原則として夫婦別姓で、それは基本的に「嫁はその家の人間ではない」からです。この点は、中国や韓国の夫婦別姓と同じことです。

また、この動画によると、夫婦別姓に賛成の人の多くは、自分たちは夫婦同姓が良いが、他人が夫婦別姓にするのには反対しない(消極的賛成)ということだそうです。

fufudosei2.PNG

これで、日本では夫婦別姓の議論が「なんとなく」盛り上がらない理由もはっきりしますね。

なお、屋号の伝統は室町時代からだそうですが、それは応仁の乱で従来の「一族郎党」が事実上消滅したからだと思います。

応仁の乱 戦国時代を生んだ大乱 (中公新書)

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  • 作者: 呉座勇一
  • 出版社/メーカー: 中央公論新社
  • 発売日: 2018/06/08
  • メディア: Kindle版

この影響で一族がバラバラになり、従来の大家族が核家族化して勤勉革命が起き、農業の生産性が向上することにより、人口が急増します。これは、一族郎党の大人数の農業は、社会主義的な運営になると考えると理解できます。

また、鎌倉時代の分割相続が、室町になると単独相続に代わり、「イエ」の財産が生まれたことも関係していると考えられます。

そして、この勤勉革命により新田が開発され、当時の技術の極限まで農業生産を拡大した結果、開墾しすぎてはげ山ばかりになり土砂災害が急増し、元禄時代になるととうとう人口増がストップします。

その後は、技術革新がないので江戸末期まで人口は増えませんでしたが、薩摩や長州が抜け荷(密貿易)で大儲けして財力を蓄え、明治維新の原動力になりました。

だれか日本史の専門家が実証しないものでしょうか。

氏名の誕生 ――江戸時代の名前はなぜ消えたのか (ちくま新書)

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  • 作者: 尾脇 秀和
  • 出版社/メーカー: 筑摩書房
  • 発売日: 2021/04/08
  • メディア: 新書

【参考】日本の家制度・その歴史的な起源

1.農民の場合、苗字や通名(つうみょう)など家名にあたる名が用いられ始めるのは14世紀後半以降、それが一般化するのは16世紀であり、また、遺産相続の形態が分割相続から単独相続に変わったことによって、嫡男が相続した遺産が事実上の家産となるのは16世紀のことである。

2.したがって、農民のレベルで家産・家名・家業を先祖代々継承する家が最終的に形成された時期は、武田信玄や上杉謙信ら有力戦国大名がしのぎを削った16世紀中頃以降に求められる。

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囲碁名人の血液型

囲碁名人の血液型は、O3 A7 B2 AB3と意外にA型が多いようですね。
はて?

game_igo.png

棋士名 血液型 生年月日 初獲得年
藤沢秀行 O 1925年6月14日 1962年
坂田栄男 A 1920年2月15日 1963年
林海峰 B 1942年5月6日(79歳)1965年
高川格 AB 1915年9月21日 1968年
石田芳夫 AB 1948年8月15日(73歳)1974年
大竹英雄 A 1942年5月12日(79歳)1975年
趙治勲 B 1956年6月20日(65歳)1980年
小林光一 A 1952年9月10日(69歳)1985年
加藤正夫 A 1947年3月15日 1986年
武宮正樹 A 1951年1月1日(71歳)1995年
依田紀基 O 1966年2月11日(56歳)2000年
張栩 O 1980年1月20日(42歳)2004年
高尾紳路 ? 1976年10月26日(45歳)2006年
井山裕太 A 1989年5月24日(32歳)2009年
山下敬吾 A 1978年9月6日(43歳)2011年
芝野虎丸 AB 1999年11月9日(22歳)2019年

ソース Wikipediaほか

--◇--◇--◇--

ちょっと怪しいし、ダブりもありますが…。

A型の棋士
山下敬吾(9) 小林光一(9) 羽根直樹(9) 中野泰宏(9) 今村俊也(9) 武宮正樹(9)
本田邦久(9) 大竹英雄(9) 山田規喜(9) 高尾紳路(8) 瀬戸大樹(6) 鶴山淳志(6)
荒木一成(5) 加藤正夫(故)
B型の棋士
趙治勲(9) 結城聡(9) 林海峰(9) 倉橋正行(9) 湯川光久(9) 大矢浩一(9) 清成哲也(9)
馬場滋(9) 吉田美香(8) 矢代久美子(5)
O型の棋士
張栩(9) 依田紀基(9) 柳時薫(9) 矢田直己(9) 森山直棋(9)  鄭銘皇(9) 苑田勇一(9)
山田規三生(8) 金秀俊(7) 梅沢由香里(5) 田村千明(1)
AB型の棋士
三村智保(9) 趙善津(9) 石田芳夫(9) 工藤紀夫(9) 蘇耀国(7)
-----
A型
坂田栄男、大竹英雄、小林光一、武宮正樹、加藤正夫、羽根直樹、山下敬吾、万波佳奈、李昌鎬
B型
呉清源、林海峰、趙治勲、吉田美香
O型
依田紀基、張栩、梅沢由香里
AB型
石田芳夫、趙善津
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四天王
羽根直樹 A型
高尾紳路 A型
山下敬吾 A型
張栩 O型

ソース 2ch
https://2ch.vet/re_nozomi_gamestones_1498760772_a_0
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