Ubuntuのツールのインストール方法

私の備忘録です。

◎samtoolsをインストールするには…

sudo apt update　
sudo apt install -y wget
sudo apt install -y libncurses5-dev
sudo apt install -y zlib1g-dev
sudo apt install -y libbz2-dev
sudo apt install -y liblzma-dev
sudo apt install -y gcc　
sudo apt install -y make　
sudo apt install libcurl4-openssl-dev

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.15.1.tar.bz2
cd samtools-1.15.1/
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

参考 https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/01/04/220013

◎bcftools-1.15.1をインストールするには…

wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf bcftools-1.15.1.tar.bz2
cd bcftools-1.15.1.tar.bz2
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

◎htslib-1.15.1をインストールするには…

↑と同じ方法でbcftools→htslibに変更

◎bgzipを使うには…

htslibをインストールする。

※ 元ファイルを保存する「-c 」オプションを付けると、出力ファイルが標準出力(スクリーン)にリダイレクトされるので注意！