水田稲作が伝来した経路は？

自分のための備忘録です。

個人的に、水田稲作が伝来したのは遣唐使の北路、具体的には山東半島⇔北部九州と思っています。

さて、山口県下関市の土井ヶ浜遺跡には、弥生時代に山東半島の斉から来たとされる人骨が静かに眠っています。
https://www.doigahama.jp/

で、この人骨のミトコンドリア・ハプログループはD4b2b1なのです（赤枠↓）。

Population dynamics in the Japanese Archipelago since the Pleistocene revealed by the complete mitochondrial genome sequences
Fuzuki Mizuno et al.
Scientific Reports 2021
https://www.nature.com/articles/s41598-021-91357-2



これは、弥生時代になって急激に増えたタイプです。

前回も書いたように、長野県と神奈川県の縄文人には、このタイプが発見されています（赤枠↓）。

Diversity in matrilineages among the Jomon individuals of Japan
Fuzuki Mizuno et al.
Annals of Human Biology 2023
https://doi.org/10.1080/03014460.2023.2224060


ということは、昔から縄文人は山東省と交流があり、水田稲作もこのルートで伝来した…というのが最も自然なのではないでしょうか？

ちなみに、前回のデータでは、山東省の人々ではD4の率は20%程度で相当高いです。

もっとも、現代日本人ではもっと高い30%以上なので、弥生時代に淘汰圧で増えたのかもしれません。
だとすると、お酒に弱い遺伝子と同じパターンですね。

ミトコンドリア・ハプログループD4a1は本当に渡来系なのか？【続】

前回からの続きです。

日本人になった祖先たち DNAから解明するその多元的構造 (NHKブックス)

• 作者: 篠田 謙一
• 出版社/メーカー: NHK出版
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↑第5章の最初にあるグラフ↓ですが、中国の数値（D4→黒にの背景に白字）が全部間違っている模様です。



元の論文は、巻末の参考文献から探すと、どうやら"Phylogeographic Differentiation of Mitochondrial DNA in Han Chinese"だと思われます。

さて、このTable 4↓のD4（赤線）の中には、D4kという値がありますが、これには"D minus D5 is taken as a proxy for D4"と注釈（下の赤のアンダーライン）があり、つまりD4の値そのものです。



奇妙なことに、この値をD4の各サブクレードの合計に加えてしまっているようで、本来の値のちょうど倍になっています。例は次のとおりです。

①
・D4の値は38.2%ですが、正しくは19.1%？

②
・D4の値は35.2%ですが、正しくは17.6%？
・D5の値（青線）は6.4%ですが、5.9%が正しい？

③④
・D4の値は本来の値のちょうど倍？

また、このグラフにはサンプルサイズが書いてないのです。
元の論文では、1カ所について50人程度なので、さすがにこれでは少なすぎ？

ひょっとして、旧版からもそのまま？

また、ハプログループDは「弥生時代になって日本に入ってきたと考える方が自然」とありますが、これまた間違いのようです。というのは、縄文人にもあるから↓です（赤）。

Diversity in matrilineages among the Jomon individuals of Japan
Fuzuki Mizuno et al.
Annals of Human Biology 2023
https://doi.org/10.1080/03014460.2023.2224060


大丈夫なのかな？

なお、日本のデータについては、本人も執筆者になっている"Mitochondrial Genome Variation in Eastern Asia and the Peopling of Japan"と思われます。
サンプルサイズは1312のようです。

2004年発表ということだから、20年近く前のデータです。いくらなんでも、古すぎでは？
現在のデータを見ると、D4はこの論文の32%より少し高くなっているようです…。

本当に大丈夫なのかな？