NatureのABO型血液型と腸内細菌叢に関する論文

今年になってからABO型血液型と腸内細菌叢に関する論文が3報出ています。

特にうつ病、精神との因果関係が示されている細菌の存在量の違いが示されています。

時代が進み科学の解像度が上がることにより、ABO型血液型と性格との関係もあながち否定できなくなってきていて非常に面白いです。

— 高遠 頼@生命科学VTuber(たかとー らい) (@takatoh_life) April 28, 2022

【参考文献 1/3】
H, Yang, et al. "ABO genotype alters the gut microbiota by regulating GalNAc levels in pigs" Nature pub 27 Apr 2022

【参考文献 2/3】
Y. Qin, et al. "Combined effects of host genetics and diet on human gut microbiota and incident disease in a single population cohort" Nature Genetics volume 54, pages134–142 (2022) Published: 03 February 2022

【参考文献 3/3】
EA. Lopera-Maya, et al. "Effect of host genetics on the gut microbiome in 7,738 participants of the Dutch Microbiome Project" Nature Genetics volume 54, pages143–151 (2022) Published: 03 February 2022

蚊に刺されやすい血液型

夏になると、よく出てくる話題ですね…。

【解説】「扇風機」で蚊の対策　血液型でも違いが…刺されやすい人の特徴とは？



■蚊に刺されやすい血液型とは？
日テレNEWS

蚊に刺されやすいのは、どの血液型でしょうか。

白井所長も実際に血液型別に調べてみたところ、刺されやすい順位があったということです。1位はO型です。2位はB型、3位はAB型です。一番刺されにくい4位はA型です。

ただ、どうして蚊に刺されにくいのか、理由は解明できておらず、実験データでは以上の結果が出たということです。

5/11 第1回「新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議」

昨日11日に、第1回「新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議」がありました。
どんな結論になるのかは、メンツと資料を見ればほぼ予想できます。

次が名簿です。

新型コロナウイルス感染症対応に関する有識者会議 構成員
（五十音順、敬称略）
秋池 玲子　ボストン・コンサルティング
草場 鉄周　日本プライマリ・ケア連合学会理事長
宍戸 常寿　東京大学教授
菅原 晶子　経済同友会常務理事
田中 雄二郎　東京医科歯科大学学長
永井 良三（座長）自治医科大学学長
古市 憲寿　社会学者
若林 辰雄　三菱UFJ信託銀行特別顧問

グラフはもっと笑えます。
見事に人出と新規感染者が反比例しているのです。



当然ながらのマスコミはほとんど無視ですね。
昨日も今日も、NHKの夜7時のニュースでは取り上げられませんでした。

岸田首相は、意外と「寝技」が得意なのかもしれませんね。

日本人と中国人の違いを「マンハッタンプロット」で調べる

古代人や縄文人のゲノム解析ですが、なぜか「マンハッタンプロット」を使った分析は見たことがありません。



※上の図にある説明では、「疾患との関連が高い」とありますが、要するに「異なるグループの遺伝子(SNP)の違い」が偶然かどうかの確率を示しているわけです。

誰でもすぐに思いつきそうなことですが、本当に誰もやってないのかな？

ここでは、テストケースとして、前回調べた1000 Genome Projectのデータを使った日本人と中国人の違いをマンハッタンプロットを使って見てみることにします。

前回の分析結果

下の図は、ABO血液型がある第9染色体後半部分のマンハッタンプロットを描いてみたものです。
赤い↓がABO血液型の場所なのですが、残念なことに意外と差が出てないですね。



点が上に行くほど差があることを示しているのですが、あまりパッとしません。

なお、水平の赤い線以上が統計的に有意なことを示しています。

もう一つ残念なのは、ノイズが多いのため、このままでは使いものにならないことです。

どうしようかな…。

－－☆－－－－☆－－－－☆－－

なお、具体的なやり方は次のとおりです。

★PLINKについて★

【1】PEDファイルにPhenotypeを追加する

前回までにできた、マンハッタンプロットをしたいPEDファイル(テキストファイルです)にPhenotypeを追加します。

PLINKの使い方 1 〜フォーマット整形〜
http://bio-and-info.blogspot.com/2013/05/plink1.html

２. デフォルトのフォーマット
(1) PED FORMAT：サンプルとジェノタイプ情報
ここの、列#6 Phenotypeを、EmEditorで追加(変更)します。
(デフォルトは「-9」のようです…)
・例 日本人=1、外国人=2

【2】関連分析

plink --file inputfile --assoc --allow-no-sex --out outputfile
→outputfile.assocに結果が出力されます。
(--allow-no-sexは性別を無視するオプションで、元データに性別が入ってないため、指定しないとエラーになります)

《参考》
・PLINKでGWAS（basicなcase/control study）をするコマンド
　https://jojoshin.hatenablog.com/entry/2016/09/22/094319
　plink --bfile データ名 --assoc --out アウトプットするデータ名
　→上のファイルはバイナリではないので、「--bfile」を「--file」に変更する

★Rについて★

カラフルなマンハッタンプロットを描く
https://staffblog.amelieff.jp/entry/2018/05/15/173432

《Rのスクリプトの例》

rm(list=ls())
setwd("C:\\データがあるフォルダ名")
#必要なパッケージをロードする。
library("qqman") #ライブラリ読み込み
library("data.table")
dat.raw <- fread("データファイル名.assoc", stringsAsFactors=F,header=T)
dat.ylim <- c(0, max(10, max(-log10(dat.raw$P) * 1.04, na.rm=TRUE)))
manhattan(dat.raw, ylim=dat.ylim, genomewideline = -log10(1e-07))

Windows 11 に WSL2：Ubuntu20.04をインストールする

私の備忘録です。

基本的に、次のサイトのとおりで大丈夫です。

WSL2：Ubuntu20.04のインストール

なお、このサイトの環境はWindows 10ですが、WIndows 11でもほとんど同じでした。
変更が必要なのは2点です。

Windows 11は、Windowsファイアウォールの設定がWindows 10と違うため、次のようにして設定を変更します。

[設定]→[プライバシーとセキュリティ]→[Windows セキュリティ]→[ファイアウォールとネットワーク保護]→[ファイアウォールによるアプリケーションの許可]

Ubuntuの設定のパラメーターにミスがあるため、少し訂正が必要です。

・Ubuntuの設定
　・$ sudo apt install -y git gedit emacs vim subuild-essential pkg-config firefox dbus
　　subuild-essential→build-essential [最初のsuは不要]

このサイトの作者に感謝です。

しかし、なぜかfirefoxの動作が不安定でした…

Ubuntuのツールのインストール方法

私の備忘録です。

◎samtoolsをインストールするには…

sudo apt update　
sudo apt install -y wget
sudo apt install -y libncurses5-dev
sudo apt install -y zlib1g-dev
sudo apt install -y libbz2-dev
sudo apt install -y liblzma-dev
sudo apt install -y gcc　
sudo apt install -y make　
sudo apt install libcurl4-openssl-dev

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.15.1.tar.bz2
cd samtools-1.15.1/
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

参考 https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2019/01/04/220013

◎bcftools-1.15.1をインストールするには…

wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.15.1/bcftools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf bcftools-1.15.1.tar.bz2
cd bcftools-1.15.1.tar.bz2
./configure --prefix=/usr/local/
make -j 8 #マルチコアCPUの場合に高速化(8コアの場合)
[sudo] make install

◎htslib-1.15.1をインストールするには…

↑と同じ方法でbcftools→htslibに変更

◎bgzipを使うには…

htslibをインストールする。

※ 元ファイルを保存する「-c 」オプションを付けると、出力ファイルが標準出力(スクリーン)にリダイレクトされるので注意！