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3/17 21:00- NHKスペ 第1集 邪馬台国の謎に迫る【感想】 [動画]

前回の続きです。

視聴感想:NHKスペシャル「古代史ミステリー 第1集 邪馬台国の謎に迫る」

yotubeNHK1.png

まぁ、こんなものでしょうね。

明日3/24の第2集はどうなるのかな?

nhksp2.jpg

【2024.3.24追記】

おぼろげですが、やっとその理由が分かってきました。

日本考古学協会のあゆみ

1945年8月、日本の敗戦より、それまでの皇国史観から脱却し、新たな科学的に歴史を研究することができるようになった。特に、先史時代については、実証的な発掘調査に基づく考古学研究の成果が重要視されることになった。

こうなると、『魏志倭人伝』や『記紀』は“必要最小限”は使うもの、基本的には無視するのが“科学的態度”ということなります。

なるほど…[たらーっ(汗)]

ではどうするかというと、池田信夫ブログにはこうあります。

理論は事実で倒せないのだ。パラダイムを倒すのは新しいパラダイムであって反証ではない。それを反証とみなすかどうかというメタレベルの判断がパラダイムに依存するからだ。 これは科学史では常識だ…

なかなか難しいですね。
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7300年前頃の鬼界アカホヤ噴火は完新世で最大規模だった [ゲノム解析で古代史]

有益な情報なのでメモ(._.)φしておきます。

オリジナルの神戸大学ニュースリリース(2024.2.22)
海底を覆う大量の鬼界カルデラ巨大噴火の噴出物を発見
過去1万2千年で地球上最大の噴出量
https://www.kobe-u.ac.jp/ja/news/article/20240222-21789/
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田中真美子さんはO型 [サイト紹介]

話題の大谷翔平さんの妻、田中真美子さんはO型でした。
確かに、写真を見るといかにもO型という感じです。
・顔が丸い
・人がよさそう
https://www.yurikago-blogu.com/tanakamamiko-family/

田中真美子.jpg
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7300年前頃の鬼界アカホヤ噴火後に「縄文人」が「無人」だった朝鮮半島に渡った?【追記あり】 [ゲノム解析で古代史]

雑記帳1.JPG
元論文はこちらです。
そして、その元論文の根拠となった、同じ著者らによるデータ↓

雑記帳2.JPG

IntCal20で補正すると最古は安島の8200年前です。
しかし、多くは6500yBP前後(7300年前頃)。
アカホヤ以前に少数が渡っていたが、7300年前に加速度的に増えた、というのが一番もっともらしい解釈だと思います。

データソースはこの論文。
Jangsuk Kim, Chuntaek Seong
Final Pleistocene and early Holocene population dynamics and the emergence of pottery on the Korean Peninsula
https://doi.org/10.1016/j.quaint.2020.10.049

seong.png

【参考】山下大輔 鬼界アカホヤ火山灰の年代

https://kansai-u.repo.nii.ac.jp/records/19751
関西大学.png

【2024.3.17追記】

雑記帳3.JPG

↑の朝鮮半島の地図は次のとおりです。

seong2.JPG

【2024.3.18追記】

seong.png

↑のデータは、IntCal20で補正(経過年数が+800年)した後に、海水リザーバー効果(経過年数が-数百年)でもう一回補正する必要がありますね[たらーっ(汗)]
全く気が付きませんでした…。

結局、プラスとマイナスがちょうど相殺されて、ほぼuncalの値でいいようです。
なんじゃそりゃ[わーい(嬉しい顔)]

これで、アカホヤ後に縄文人が朝鮮半島に渡ったのはほぼ確定です[るんるん]

【2024.3.19追記】

そうしたら、↓の関西大学の紀要によると、朝鮮半島南岸の海洋リザーバー効果は、高々200年のようです。
ただし、東岸は300年位のところもあるようですね。

中西利典ほか 九州沿岸における放射性炭素海洋リザーバー効果の時空間変化の検討
https://www.kokudo.or.jp/grant/pdf/h26/nakanishi.pdf

海洋リザーバー効果.JPG

と思ったら、↓の歴博の論文では、安島の較正年代は7430~6620BPなのだそうです(測定誤差を考えると7300BPより前)[たらーっ(汗)]

藤尾 慎一郎 弥生人の成立と展開Ⅱ : 韓半島新石器時代人との遺伝的な関係を中心に
https://rekihaku.repo.nii.ac.jp/records/2000021

安島貝塚から出土した遺物には中国系の玦状耳飾り,縄文系の轟式土器,石匙,結合式釣針,佐賀県腰岳産の大量の黒曜石片などがあり,なかでも黒曜石の出土数は韓半島においては一遺跡としては多い方で,剝片数220 点を数える。また,タマキガイ科の貝で作られた貝釧を装着した人が見つかるなど,九州西北部の縄文文化との共通性を見せている。安島貝塚の状況は,西遼河系の核ゲノムを持つ人がいる一方で,縄文系の道具をもっている人がいる点で文化的にも多様である。
ソウル大学校の年代測定室が集石付近で見つかった骨片や貝殻を対象に14C年代測定を行っているが,土壙墓出土人骨自体の14C 年代測定は行われていない。2008 年以前の測定なので較正曲線はIntCal04,較正年代は7430~6620 14C BP であった。

結局、何が正しいか分かりません…[あせあせ(飛び散る汗)]

ただし、↓の論文、

Jangsuk Kim, Chuntaek Seong
Final Pleistocene and early Holocene population dynamics and the emergence of pottery on the Korean Peninsula
https://doi.org/10.1016/j.quaint.2020.10.049

は投稿が2020年と文在寅政権下なので、相当な“政治的バイアス”が考えられます。

よって、

○本命  鬼界カルデラ大噴火の7300年前より「後」
○対抗馬 鬼界カルデラ大噴火の7300年前より「前」

とします。

仮に対抗馬が正しいとしても、鬼界カルデラ大噴火より前のサンプルはかなり少ないのです。
その前に縄文人が住んでいたとしても、人数が少なかったことは確かでしょう。
ということで、大量に縄文人が避難したのは、どっちにしろ大爆発後ということになります[るんるん]

【2024.3.21追記】

と思って、しつこく調べてみたところ…

結局、「本命」の鬼界カルデラ大噴火の7300年前より「後」が正しいようです[るんるん]
これで、「二重構造説」はほぼ完全に否定されます。
言い換えれば、“渡来人”の多くは「里帰りした弥生人」ということです。
(一部は中国大陸からの本物の「渡来人」)

これは、きちんとした証拠があります。具体的には…

李 相均
縄文前期前半期における轟B式土器群の様相 : 九州, 山陰地方, 韓国南岸を中心に
On the Todoroki B-type Pottery of the Jomon Period in Kyushu, San'in and South Korea
東京大学文学部考古学研究室研究紀要 1994-03-25
DOI: https://doi.org/10.15083/00029592

藤尾 慎一郎
[論文] 弥生人の成立と展開Ⅱ : 韓半島新石器時代人との遺伝的な関係を中心に
[Article] Formation and Development of the Yayoi People II : Focusing on Genetic Relationships with the Neolithic People in the Korean Peninsula
国立歴史民俗博物館研究報告 第242集
https://rekihaku.repo.nii.ac.jp/records/2000021

の2つです。

ただし、2番目の論文の分析は間違っているので、「事実」のみから判断してください。
ヒントは、轟B式土器と朝鮮半島南部の遺跡の分布です。

というか、なぜこんな単純明快なことを専門家が思い付かなかったのか不思議です。
なにかタブーがあるんですかね?

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3/17 21:00- NHKスペシャル 古代史ミステリー 第1集 邪馬台国の謎に迫る【追記あり】 [ゲノム解析で古代史]

どんな内容なのでしょうか?

NHKスペシャルのサイト

NHKSP.jpg

ちなみに、第2集は3/25 ヤマト王権 空白の世紀 とのこと。

ソース:Impress AV Watch
NHK、邪馬台国はどこにあったのか? 卑弥呼の謎に迫る「古代史ミステリー」17日から

【2024.3.17追記】

見てみましたが、「普通の人」向けに、専門家の意見を尊重して無難にまとめたという感じです。
特に新しい情報はありませんでしたが、まとめ方は参考になりました。さすが皆様のNHK!

もっとも、ミスター邪馬台国の安本美典紙が登場しなかったのは少々不自然ですが、「皆様のNHK」だからしょうがないのかな? あとは、ドラマ仕立ては時間がもったいないので止めてほしいです。
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歴史的事象を分析するためのSimulation GIS【追記あり】 [ゲノム解析で古代史]

これはすごい!邪馬台国はどこなんですかね?

【2024.3.18追記】
これも凄いですね!

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高千穂遙さんのポストがバズってます

高千穂遙さんのポストがバズってます。

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ゲノムのフォーマット(Assembly)を変換する [ゲノム解析で古代史]

前回の続きです。

古代人と現代人を併合した主成分分析がうまくいかなかったのですが、どうやら、ゲノムのフォーマット(Assembly)を変換する必要があったようです[たらーっ(汗)]

古代人のゲノムは(なぜか?)GRCh37らしいのですが、現代人は最新のGRCh38(例:1000 Genome Project)です。

ネットで探したら、一番簡単そうなのが↓

macでインフォマティクス
EnsemblのGenomic feature座標変換機能(CrossMap)

トップページからEnsembl Toolsを選択します。

ensmbl.png

そして、Assembly Converterを選択します。

AsssemblyConverter.png

残念ながら、エラーになってしまいました[もうやだ~(悲しい顔)]

本当にうまくできるのかな?

【追記】

URLを直打ちしたらうまくいきました[グッド(上向き矢印)]
https://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/AssemblyConverter?db=core

たまたま?

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朝鮮半島古代人のDNAは縄文人・弥生人とほぼ同じ《謎3》 [ゲノム解析で古代史]

前回の続きです。

既出の歴博の論文、

国立歴史民俗博物館研究報告 第242集
[論文] 弥生人の成立と展開Ⅱ : 韓半島新石器時代人との遺伝的な関係を中心に
(2022年11月21日受付,2023年3月31日審査終了)
https://rekihaku.repo.nii.ac.jp/records/2000021

ですが、読み直して不思議なことを見つけました。それは冒頭にある図1↓です。

fujio.JPG
この図に示されている朝鮮半島南部の古代人のゲノムですが、安島(Ando)は「中国北部系」、獐項(Changhang)と欲知島(Yokchido)は「韓半島新石器系(西遼河系+古代東アジア沿岸集団系(韓半島新石器時代人))」とあります。

また、烟臺島(Yondaedo)と大中里(Taejungni→Daejungri)も同じ「韓半島新石器系」ですが、なぜか掲載されていません。

さて、この論文で参照されているNatureの論文↓、

Robbeets M et al. (2021). Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages.
Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages.
https://doi.org/10.1038/s41586-021-04108-8

のExtended Figureでは、「主成分分析」の結果の図↓があり、

triangulation2.JPG
Extented Figure 7

triangulation.JPG
Extented Figure 8

これらを見てみると、

Changhang(一部)、Yokchido →縄文人に最も類似
Ando、Changhang(一部)、Taejungni、Yondaedo →弥生人(現代日本人)に最も類似
※主成分分析は、分析の対象にするデータの選択により結果が変化することがあるため、上の2つの図の結果は必ずしも一致しない。

となります。また、歴博の論文の「古代東アジア沿岸集団系」はほぼ「縄文系」と同じなので、わざわざ言葉を区別する意味も分かりません。

なお、この論文の注釈(1)にはこうあります。

後期旧石器時代に東南アジアから東アジア沿岸を北上してきたホモ・サピエンスで,沿岸部や島嶼部に存在する。韓半島の新石器時代人や縄文人の共通の祖先である(古代東アジア沿岸集団)。

ところが、朝鮮半島の後期旧石器時代は「事実上無人」だったので、そもそも住民がいないのだからこの注釈(1)の記述はおかしいのです。

それにしても、烟臺島(Yondaedo)と大中里(Taejungni→Daejungri)も同じ「韓半島新石器系」ですが、掲載していない理由は不明です。

以上のことを素直に考えると、数千年前に縄文人や弥生人が日本列島から朝鮮半島南部に移住し(Taejungniは微妙)、その後に中国北部系と混血して現代韓国人になった、というのが最も可能性が高いシナリオになります。

実際にも、朝鮮半島には楽浪郡や帯方郡が置かれ、中国北部系と混血があったことは確実ですから、歴史書とも矛盾しません。

なお、韓国の地名ですが、アルファベットを漢字に直すと、

Ando→慶尚南道 統営市 安島
Changhang→釜山市 加徳島 獐項
Taejungni(Daejungri)→忠清南道 公州市 大中里
Yokchid→慶尚南道 統営市 欲知島
Yondaedo→慶尚南道 統営市 烟臺島

となります。

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朝鮮半島古代人のDNAは縄文人・弥生人とほぼ同じ《謎2》【追記あり】 [ゲノム解析で古代史]

前回の続きです。

さて、前回紹介した東大の「二重構造説」の論文↓ですが、

縄文人と渡来人の混血史から日本列島人の地域的多様性の起源を探る
渡部 裕介(生物科学専攻 特任助教)
大橋 順(生物科学専攻 教授)
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/8252/

原論文は↓で、

Modern Japanese ancestry-derived variants reveal the formation process of the current Japanese regional gradations
https://www.cell.com/iscience/fulltext/S2589-0042(23)00207-9

この論文が投稿されたのは「2022年9月26日」↓とあり、改訂版は2022年12月2日となっています。

date.JPG

ご存じのとおり、朝鮮半島古代人である「渡来人」が縄文人と混血して弥生人になった、というのが「二重構造説」のキモです。それなら、「朝鮮半島古代人」のデータがあれば、論拠は極めて強力になるはず。しかし(なぜか?)、そういうデータはありません。

ところが、前回説明したENA↓のデータには、ちゃんと問題の朝鮮半島古代人のデータがあるのです。"ancient Korea"で検索すると数件が引っかかりました。
(日本なら、"jomon"、"yayoi"、"kofun"などで検索)

ENA: https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

ena2.JPG

では、このデータはいつ公開されたのか?
↓の例では、「2022年6月22日」でした。この東大論文を投稿した2022年9月26日の「3か月前」なので、頑張れば内容に反映することは可能だったはずです。

ena3.JPG

仮に無理だとしても、改訂版は2022年12月2日なのですから、この時点で反映することは十分に可能だったはず。

念のため、この論文のプレスリリースの日付は、東大のサイト↓によると「2023年2月21日」です。

date2a.JPG

閑話休題。

もちろん、朝鮮半島古代人のデータが公開されたことを「うっかり」知らなかったという可能性もあります。
ただ、それにしても、プレスリリースの「2023年2月21日」時点で半年以上前の「2022年6月22日」公開のデータを知らなかったというのは、素人じゃないので考えにくいです(汗)。

やっばり、欧米人の論文じゃないとダメ?

実は、同じことは「2022年11月21日受付」の歴博の論文↓にも言えます。

国立歴史民俗博物館研究報告 第242集
[論文] 弥生人の成立と展開Ⅱ : 韓半島新石器時代人との遺伝的な関係を中心に
(2022年11月21日受付,2023年3月31日審査終了)
https://rekihaku.repo.nii.ac.jp/records/2000021

読めばわかりますが、やはり「2022年6月22日」公開のこのデータを知らなかったということになります。そして「2023年3月31日審査終了」だから、審査者も知らなかった…(汗)。

もっとも、歴博はゲノム解析の専門家ではないので、しょうがないのかもしれませんね…。

さて、日経サイエンス2024年2月号 特集:DNAが語る古代ヤポネシアでも、この1年半前のデータについては何も書いてありません。

さすがに、こうなるとステータスのある科学誌としてはいかがかと思いますが…(汗)。

結論として、これら最新のゲノム解析の結果が正しいとすれば、従来の「二重構造説」はほぼ完全に否定される…ということになります。[パンチ]

また、石井望氏のブログ記事には、

2000/12/01  
「古代朝鮮と日本との交流」――西谷正・九州大学教授
  (朝鮮奨学会「古代史シンポジウム」から)
朝鮮の南海岸地域にあたる欲知島では、縄文時代早期末の九州の轟式土器のほか、朝鮮で初めて縄文時代によく見る石匙(さじ)が出土している。
http://www.toyo-keizai.co.jp/news/culture/2000/post_3605.php

とあります。

よって、考古学的な知見からも、「朝鮮半島古代人のDNAは縄文人・弥生人とほぼ同じ」ということが裏付けられることになります。

やれやれ(汗)。

余談ですが、↑のENAから得られるデータはBAMなので、主成分分析をするためには、PLINKで扱えるVCFにする必要があります。

やり方の例↓
To go from .bam to .vcf, it is fairly easy using bcftools call: bcftools mpileup -Ob -o -f bcftools call -vmO z -o Taken from htslib website. https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/18598/how-to-convert-a-bam-file-into-a-vcf-file/18603#18603


本当にできるのかな?

【2024.1.27追記】

そうしたら、2021年のNatureの論文↓には、朝鮮半島古代人のデータは、既に大部分が公開されていたのですね…。
Robbeets M et al. (2021). Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages.
Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages.
https://doi.org/10.1038/s41586-021-04108-8

間抜けなことに、私は知りませんでした。[たらーっ(汗)]
しかし、まさか東大の人間が「2021年のNature論文」を読まなかったとは思えません。
よって、知らなかったのではなく、朝鮮半島古代人のデータが公開されたことを知っていたにもかかわらず、意図的に無視した(?)可能性が極めて高いことになります。

ということは、冒頭に紹介した東大論文は、「二重構造説」を否定したくないための論文で、日経サイエンスも“同調”した可能性が極めて高いという結論になります。

本当なのかな?

【2024.2.17追記】

やり方の例↓

1. リファレンスゲノム配列を入手します。

リファレンスゲノム配列(GRCh38/hg38)と日本人基準ゲノム配列(JG2)
https://biotech-lab.org/articles/6389

Ensembl (EMBL-EBI):
http://ensembl.org/Homo_sapiens/Info/Index

スクリーンショット 2024-02-17 132240.png
→Homo_sapiens.GRCh37.dna.primary_assembly.fa.gzをダウンロードします。
※GRCh38ではダメでした…。[2023.2.18修正・追記]

2. bfctoolsを使ってvcfを作ります。

bcftools mpileup -Ou -f ref.fa map.bam | bcftools call -mv -Ov > var.raw.vcf
https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/18598/how-to-convert-a-bam-file-into-a-vcf-file/18603#18603

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